Microsoft Authenticator to aplikacja współpracująca z dwuetapową autoryzacją kont w usługach Microsoftu i Google, co zapewnia dodatkową warstwę ochrony. Aplikację można powiązać z różnymi kontami na różne sposoby, na przykład przez skanowanie kodu QR lub tradycyjne, jednorazowe logowanie na konto.
Jeśli konto ma włączoną dwuetapową autoryzację (z pomocą hasła i urządzenia), w aplikacji na powiązanym urządzeniu pojawi się powiadomienie o każdym logowaniu. Z jej poziomu trzeba zatwierdzić logowanie, wypełniając instrukcje – na przykład podając odpowiednią liczbę, wzór, odcisk palca albo PIN, i można kontynuować pracę.
Jeśli urządzenie nie jest połączone z Internetem, można wykorzystać aplikację do wygenerowania jednorazowego kodu, umożliwiającego logowanie. Możliwe jest też autoryzowanie logowania z tego samego urządzenia.